تعاني بعض الأقليّات الدينية في مصر من عدم الاعتراف الرسمي من قبل مؤسسات الدولة، ممّا يترتب عليه الحرمان من مجموعة من الحقوق الدستورية الأساسية أبرزها حريّات الدين والمعتقد والرأي والتعبير، إلى جانب تعرضّ أتباع هذه الأقليّات للمراقبة والملاحقة القضائية بحجّة أن نشاطها غير شرعي. وتحظى مصر بتنوّع ديني واضح، فإلى جانب الأغلبية المسلمة والمسيحيين واليهود المعترف بهما، توجد أقليّات أخرى غير معترف بها من بينها البهائيون وشهود يهوه، وبعض الأقليّات المسلمة كالشيعة والقرآنيين والأحمديّين الذين لا يُعترف بوجودهم من قبل المؤسسات الرسميّة والدينية.