قال حيدر قنديل، الصحفي والمنتمي للمذهب الشيعي، لباحثي المبادرة أن سلطات مطار القاهرة منعته من السفر صباح السبت 11 ديسمبر واحتجزت جواز سفره وأمرته بالتوجه إلى مقر الأمن الوطني لاستعادته.
وأوضح قنديل أنه فوجئ باستيقافه من قبل أحد ضباط الجوازات في المطار بعد أن حصل على ختم الخروج من مصر متوجها إلى روسيا. وأبلغه الضابط أن هناك تعليمات من الأمن الوطني بمنعه من السفر واحتجاز جواز سفره، وأن عليه لاحقا طلب الإذن من جهاز الأمن الوطني قبل السفر مؤكدًا مع ذلك  أنه لا يوجد أمر قضائي بمنعه من السفر. 

ويخضع حيدر قنديل لمتابعة أسبوعية منذ أغسطس 2020، منذ إخلاء سبيله بكفالة على ذمة اتهامه مع مجموعة من الشيعة بنشر التشيع وتأسيس جماعة على خلاف القانون. وقال قنديل إنه يتوجب عليه زيارة قسم ثاني طنطا كل أسبوع، إلا أنه أكد أنه لم يحدث أي تواصل بينه وبين أفراد الأمن الوطني طوال فترة المتابعة.

وكانت قوات الأمن قد ألقت القبض على قنديل من منزله في 29 ديسمبر 2019؛ وظل مختفيا حتى 23 مارس 2020. وقال قنديل لباحثي المبادرة إنه تم اقتياده إلى مقر الأمن الوطني في طنطا والتحقيق معه بشأن انتمائه للمذهب الشيعي، وعن معتقداته وطريقة ممارسته للشعائر، وعن أماكن تجمعات ومجالس الشيعة المصريين، وعن أسباب سفره إلى إيران والعراق، فرد بأنه كان يسافر لزيارة المقدسات الشيعية. وأضاف قنديل أنه ظل مقيد اليدين ومغمى العينين طوال فترة حبسه بمقر الأمن الوطني.

وفي 23 مارس 2020 تم عرضه على نيابة أمن الدولة، التي وجهت له مع آخرين من الشيعة المصريين، اتهامات ازدراء الأديان ونشر التشيع وأفكار معادية للدولة وإنشاء جماعة على خلاف القانون. وقال قنديل إن النيابة واجهته  بأحراز كان أحدها مقالًا على أحد المواقع الشيعية العراقية نُشر بدون اسم - وقد نفى قنديل أن يكون من تأليفه -  بالإضافة إلى ملف عن شيعة العالم وجدته قوات الأمن في منزله أثناء القبض عليه.
 

وأضاف قنديل أنه تم ترحيله لقسم ثاني طنطا بعد عرضه على النيابة، حيث قضى شهرًا واجه فيه معاملة سيئة؛ ومنع دخول البطاطين إليه، قبل أن يتم ترحيله إلى سجن طنطا العمومي.

وأفاد قنديل أن محكمة جنايات طنطا طلبت مشورة مجمع البحوث الإسلامية بشأن القضية. وجاء رد المجمع بأن الأحراز الموجودة بالقضية تساعد على نشر المذهب الشيعي. ولاحقا قضت المحكمة بعدم اختصاصها وتحويل القضية إلى محكمة أمن الدولة العليا في القاهرة.
 

وفي 16 أغسطس 2020 قررت محكمة جنايات طنطا المنعقدة بغرفة المشورة إخلاء سبيله بكفالة 5 آلاف جنيه ووضعه تحت المتابعة الأسبوعية.
وقال قنديل إن أحد ضباط الأمن الوطني أبلغه قبل إخلاء سبيله أنه لن يسمح له بالعمل بالصحافة مجددا. وبالفعل قال له أحد مسؤولي الجريدة التي كان يعمل بها إنه تم فصله من العمل بناء على تعليمات أمنية، ولم يسمح له بالحصول على متعلقاته الشخصية من مقر العمل.

وتعد قضية قنديل واحدة من عدة قضايا يتم فيها محاكمة شيعة مصريين بتهمة التعبير عن معتقدهم الديني وتداول كتب تخصه وتنسب لهم تهمة "تأسيس جماعة على خلاف القانون" بلا أدلة.
ففي يونيو 2020 حكمت محكمة جنح أمن الدولة بمشتول السوق بمحافظة الشرقية في القضية رقم 154 لسنة 2019 بالحبس سنة واحدة على مصطفى الرملي ومحمود يوسف بتهمة ترويج أفكار تنتمي إلى المذهب الشيعي وتأسيس جماعة على خلاف القانون. وذكر محضر الضبط أن القوات وجدت في منزليهما كتبًا عن المذهب الشيعي و"تُربة صلاة" تستخدم للسجود عليها وفق المذهب الشيعي. ونسب محضر تحريات الأمن الوطني إلى المتهمين الاشتراك في تأسيس جماعة على خلاف أحكام القانون لنشر المذهب الشيعي. غير أن المتهمين أنكرا  في التحقيقات قيامهما بتأسيس أي جماعة، وأكدا إنهما لم يلتقيا إلا في الحبس على ذمة هذه القضية.

وفي مايو 2019 حكمت محكمة جنايات القاهرة على علاء عبيد، مدرس أزهري مقيم بالمنصورة، بالسجن المشدد 15 عاما وغرامة 500 ألف جنيه. وذلك بتهمة التواصل مع جهات أجنبية وتلقيه أموالا منها، وتأسيس موقع إلكتروني، وطباعة كتب تروِّج إلى المذهب الشيعي منها كتاب من تأليف المحكوم عليه بعنوان "فضائل آل البيت في الكتاب والسنة"، بحسب حيثيات الحكم.

ونشرت المبادرة المصرية في 2016 تقريرًا تحليليًّا بعنوان "التنوع الممنوع في دين الدولة: الحرية الدينية للمصريين الشيعة نموذجاً". أوصت فيه بضرورة اتخاذ الدولة إجراءات عاجلة على المدى القصير، والبدء في عملية إصلاح جذرية للسياسات الدينية الرسمية من أجل ضمان حرية الدين والمعتقد والتنوع الديني. تضمن التقرير عدة وقائع تتضمن منعا من السفر لمصريين شيعة يسافرون بغرض أداء شعائرهم الدينية أو التعليم الديني. كما يتضمن وقائع احتجازهم بعد الوصول لفترات متفاوتة.

وقد تكررت وقائع المنع من السفر بحق نشطاء آخرين بسبب نشاطهم المتعلق بحرية العقيدة، منهم أحمد حرقان الذي يُعرف نفسه كناشط حقوقي ومدون وكاتب مصري ملحد، الذي مُنع من السفر عدة مرات بتعليمات من الأمن الوطني بدون أمر قضائي، قبل أن تقبل المحكمة الإدارية العليا الطعن الذي قدمته المبادرة المصرية للحقوق الشخصية ضد القرار السلبي بعدم تمكين حرقان من السفر وتقضي بإلغائه في 26 سبتمبر 2021.

وتطالب المبادرة المصرية بحفظ قضية "نشر التشيع"، ووقف الانتهاكات بحق المصريين الشيعة وسائر أفراد المجموعات الدينية المهمشة أو النشطاء المهتمين بالمجال الديني. تشدد على ضرورة البدء في إصلاحات عاجلة لسياسات إدارة المجال الديني، وقبول أوسع صيغة للتنوع الديني ومكافحة كل أشكال التمييز على أساس الدين.