- أغلقت الأجهزة الأمنية عددًا من المباني الكنسية التي كانت تقام فيها الصلوات بانتظام بحجة عدم وجود تراخيص رسمية، وذلك بالمخالفة لقانون بناء الكنائس، وعندما تقدم الممثل القانوني للكنيسة بطلب الحصول على الترخيص امتنعت أجهزة الأمن عن تقديم الموافقات المطلوبة.
- الطريقة التي شكلت بها لجنة توفيق أوضاع الكنائس والسرية التي تحيط عملها تشير إلى استمرار أزمة الكنائس القائمة بدون ترخيص، ولا تعكس وجود نية حقيقية لدى السلطات في إنهاء هذا الملف بمنح التراخيص لها، بل قد تفتح الباب أمام توترات اجتماعية في ظل التشدد في المعاينات التي تجريها المحليات وطول مدة نظر الأوراق والشروط المطلوب استيفاؤها.
- لم يصدر أي قرارات رسمية خاصة بإنشاء الكنائس، في حين أعطى بعض المسئولين موافقات شفوية للكنائس للبدء في الإنشاءات، وهو ما يؤكد استمرار نفس الطريقة القديمة التي كانت مستخدمة قبل القانون، والتي كانت تعطي عددًا محدودًا من الموافقات لكنائس قائمة بالفعل، مما أدى إلى وجود مئات الكنائس بدون ترخيص، والتي يفترض أن تنظر في أمرها لجنة توفيق أوضاع الكنائس الصادر بها قرار من رئيس الوزراء.
- كما أن بناء الكنائس بهذا الشكل يخلق وضعًا مخالفًا للقانون، حيث أنه وفقًا للقانون فإن الكنائس عليها الحصول على الموافقات القانونية قبل بدء البناء، كما أن مهلة تقديم الطلبات للكنائس القائمة قد انتهت، ومن ثم فهذه الطريقة ترسخ من جديد لوجود كنائس حصلت على موافقات غير كتابية من المسئولين ومتعارف عليها من جمهور المواطنين وتقام بها الصلوات ومع ذلك، لم تصدر بشأنها قرارات رسمية من المحافظ المختص.
- لا توجد قواعد محددة وواضحة معيارية لإصدار قرارات بناء الكنائس، وهو ما انعكس على فهم عدد من المحافظين الذين يفترض أنهم المسئولون عن إصدار تراخيص بناء الكنائس، مثلما أثير حول وجود لائحة تنفيذية للقانون من عدمه، وهو ما حذرت منه المبادرة المصرية من عدم وضوح مواد القانون بما يعطي الفرصة لتفسيرات مختلفة طبقًا للمحافظ المختص ورؤيته، وبما يسمح بتدخلات أمنية طالما انتقدت في ظل الوضع السابق على القانون.
- لا يزال يسيطر قطاع الأمن الوطني على إدارة علاقة الدولة بالأقباط بشكل عام. ويعد بناء وترميم بناء الكنائس هو أحد الموضوعات التي يتحكم فيها القطاع بشكل رئيسي، وبطريقة متجاوزة للمسئولين السياسيين والتنفيذيين. ولا تزال هذه الأجهزة تستخدم لافتة "الدواعي الأمنية" لوضع الطلبات التي تقدم إليها في الأدراج وعدم الرد عليها سواء بالقبول أو الرفض.
- فشل قانون بناء وترميم الكنائس في حل المشكلة التي طالما عاني منها الأقباط، بل أدت الصياغات المعقدة للقانون إلى سد الباب أمام التحايل على المعوقات السابقة، عبر الصلاة في المنازل ثم تحويلها إلى كنائس. كما عملت على الخلط بين ممارسة الشعائر الدينية في الكنائس، والتي تتطلب ترخيصًا وبين ممارسة الشعائر الدينية الجماعية والتي هى حق دستوري أن تقام في الأماكن الخاصة أو العامة بدون ترخيص.
