وأوضحت المنظمات أن "الباقر" تعرض لعدد من الانتهاكات، بدأت بالترهيب المعنوي والاعتداء البدني في لحظة وصوله لمقر احتجازه بسجن "طرة2" شديد الحراسة، فضلًا عن تردي أوضاع احتجازه وإصرار إدارة السجن على حرمانه من "التريض" والقراءة حتى الآن في مخالفة صريحة لقانون تنظيم السجون، ما تسبب في تعريض صحته للخطر.