وأوضحت المنظمات أن "الباقر" تعرض لعدد من الانتهاكات، بدأت بالترهيب المعنوي والاعتداء البدني في لحظة وصوله لمقر احتجازه بسجن "طرة2" شديد الحراسة، فضلًا عن تردي أوضاع احتجازه وإصرار إدارة السجن على حرمانه من "التريض" والقراءة حتى الآن في مخالفة صريحة لقانون تنظيم السجون، ما تسبب في تعريض صحته للخطر.
وإضافة لبيان القوى السياسية ومنظمات المجتمع المدني في العام الماضي رداً على إدراج العليمي وشعث على قوائم الإرهاب، والمطالبات بالإفراج عنهما وإزالة اسميهما من القائمة وإلغاء ما يترتب عليها من تبعات تمس حياتهما وحياة ذويهما الشخصية وتقيد حرياتهما، فقد سلم عدة نواب في البرلمان المصري خطاباً إلى رئيس المجلس يطلبون منه بذل مساعيه للإفراج الفوري عن المسجونين السياسيين ورفع أسمائهم من قائمة الإرهاب لما في ذلك من مخالفة للحقوق المدنية والسياسية، وافتئات على الحقوق والحريات المحمية دستوريًا.