رحبت المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، بالقرار الجمهوري، بتشكيل لجنة تقصي حقائق، حول أحداث 30 يونيو، وأشارت في تعليقها  إلى أن تشكيل اللجنة، خطوة طالما طالبت بها المبادرة المصرية ومنظمات حقوقية عديدة.

وأشارت المبادرة المصرية إلى أنه، بالرغم من إيجابية خطوة تشكيل اللجنة في حد ذاتها، إلا أن هناك ما يثير القلق، بشأن أوجه القصور التي شابت قرار تشكيل اللجنة، من حيث سلطاتها وصلاحياتها، وآليات عملها.

وقدمت في تعليقها – الذي تم إرساله إلى اللجنة - 6 توصيات تصب في غرض تحسين عمل اللجنة وضمان قيامها بمهمتها في معرفة الحقيقة.

وتشمل التوصيات التي تضمنها التعليق، ضرورة أن يشمل التحقيق القضايا النوعية، التي تدخل ضمن النطاق الزمني لعمل اللجنة، مثل الاعتداءات الطائفية التي طالت الأقباط، أيضًا الاعتداءات الجنسية غير المسبوقة ضد النساء. وشملت أيضًا التنبيه على أهميةِ أن تقوم اللجنة بوضع برنامج لحماية الشهود وحماية العاملين والعاملات في اللجنة، بشكل يضمن عدم تعرضهم لتهديدات أو ضغوط. كما رأت أنه ينبغي أن تقوم اللجنة بالتشاور مع منظمات المجتمع المدني ذات الصلة، وأن تشمل في نطاق تحقيقها الجرائم الناجمة عن عنفٍ قامت به أجهزة الدولة وقواتها النظامية، وأن تتحرى مسئولية القيادات عن التعليمات التي أصدروها في هذا الشأن. ويجدر باللجنة تقديم توصيات واضحة بإجراء إصلاحات قانونية ومؤسساتية، تكفل ضمان عدم تكرار انتهاكات حقوق الإنسان، التي وقعت في الماضي، بما في ذلك إصلاح المؤسسات الأمنية وتعديلات التشريعات الوطنية الحاكمة لها.

وكانت رئاسة الجمهورية قد أصدرت قرارًا في 21 ديسمبر 2013، بتشكيل "لجنة قومية مستقلة لجمع المعلومات والأدلة وتقصي الحقائق، التي واكبت ثورة 30 يونيو 2013 وما أعقبها من أحداث"، وأسندت رئاستها إلى الدكتور/ فؤاد عبدالمنعم رياض ـ أستاذ القانون الدولي الخاص ـ الذي عمل أيضًا كقاضٍ دولي في "المحكمة الجنائية الدولية لجرائم الحرب في يوغسلافيا السابقة".